VPSでMysqlに接続できないエラーが表示されていたので、ログをみると、
2017-05-02 15:50:03 4977 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 512.0M InnoDB: mmap(549453824 bytes) failed; errno 12 2017-05-02 15:50:03 4977 [ERROR] InnoDB: Cannot allocate memory for the buffer pool
バッファープールへのメモリ割当ができない。
ただ、freeして確認して、増やそうか検討したが、そもそも今までこれで運用していたし、特に何かゴリゴリプログラムを動かしているわけでではないし。一旦、ps aux で余計なPHPプロセスを確認してkillコマンド。
wordpressで使用しているphp-fpmを再起動、mysql再起動という手順で復活した。
/etc/init.d/php-fpm restart /etc/init.d/mysqld restart